Игра берёт своё начало в 2014 году, спустя 48 часов после окончания событий оригинального Advanced Warfighter. Скотта Митчелла отправляют на Американо-Мексиканскую границу, где разгорелся конфликт между мексиканскими повстанцами, военными и армией США. Отряд Митчелла, под управлением игрока, должен установить мир в регионе и не допустить жертв со стороны мирного населения. Действия игры проходят на таких локациях, как горные районы, небольшие города и поселения, а также на крупной гидро-электрической дамбе к северу от границы.